Wednesday, September 16, 2009

Две вычислительные способности простого генетического алгоритма

Продолжая чтение диссертации Бурджорджи [1], следующим пунктом плана идут вычислительные способности (Computational Competencies) ПГА.

Рассматривается задача определения квантитативных локусов в нитях ДНК. Под квантитативными локусами понимаются такие, которые определяют фенотипичексие черты во взаимодествие с другими локусами нити. Черты же, которые соотвествуют этим локусам, то есть изменения в которых определяются группой локусов, называются комплексными. Вообще говоря, одней из наиболее важных задач современной генетики является выявлении групп квантитативных локусов, отвечающих за данную черту. Популярным методом для решения этой задачи является сканирование генома (genome scanning). При данных нескольких последовательностях генотипов и известных значениях рассматриваемой черты, проводится сканироваение геномов, и определяется статистически значимые зависимости. Выделяют главный эффект локуса и эффект взаимодействия с другими локусами. Основное внимание исследователей было сконцентрировано на исследовании первого.

Причиной этого оказалось отсутствие эффективного алгоритма для такой задачи. Очевидно, в исследованиях Кеки таким алгоритмом оказался ПГА.

1. Burjorjee K. Generative Fixation. - Brandeis University, 2009.

No comments:

Post a Comment